党政办公室。负责开发区重要活动的安排协调和党工委、管委会领导交办的重要事项落实；负责党工委、管委会工作部署贯彻落实的督查检查、大数据和电子政务、社会信用体系建设、区域合作与发展、机关事务、涉外事务、审计工作；组织开展全局性重要政策和课题的调查研究、重要文稿的起草工作、信息、文秘、机要、保密、档案、地方志、政策研究、全面深化改革、政务公开等工作。
党群工作部（人力资源和社会保障局、宣传办公室、非公有制企业和社会组织党委）。负责开发区组织建设、干部队伍管理、机构编制工作；负责开发区人事管理、工资福利核定、人力资源和社会保障工作；负责开发区宣传思想、文化体育、旅游工作；负责做好开发区统战、民族宗教、关工委、老干部以及市人大、政协联络工作；负责指导开发区工、青、妇等群团组织开展工作；负责开发区“两新”组织党建工作。
建设局。负责开发区规划建设工作。编制开发区总体规划、专业规划、控制性详细规划及修建性详细规划并组织实施；制定建设项目规划方案，参与建设项目选址、环境评估和可行性研究；受理建设项目相关业务；组织建设项目的招投标工作；制定公用基础设施和配套设施的建设方案；做好道路（含雨污水管）、桥梁、水、电、气、通讯、绿化、消防等建设工程的管理工作，养护现有的市政设施；做好拆迁建设工程的管理工作和拆迁协调、补偿安置等相关工作。
经济发展促进局（招商局）。负责开发区经济建设和发展工作，编制经济发展的总体规划、中长期计划及年度计划并组织实施；制定经济运行年度调控目标和措施；贯彻国家产业政策，指导经济结构调整、企业投资方向；负责开展相关招商、推介等活动，现代服务业项目的引进、推进及企业服务等；做好产业统计、经济运行分析等工作。
科学技术局。负责编制并组织实施科技发展，大数据产业等重点产业的中长期规划、发展战略及工作计划和管理办法等；承担花桥经济开发区科技发展资金的管理工作；承担区内科技企业及项目申报、认证和管理工作；会同相关部门拟定区内科技人才政策措施，负责科技人才、项目的引进和管理；负责组织开展国内外科技和产学研合作与交流；承担建设国际合作基地和科创平台；会同相关部门开展知识产权的申报工作；负责大数据产业和平台建设和管理；承担科创人才服务中心职责。
台商投资服务办公室。负责统筹协调开发区对台经贸工作，研究制定促进台资企业发展的目标和措施；贯彻执行《中华人民共和国台湾同胞投资保护法》，协调处理区内台商的投诉和咨询，维护台商投资合法权益；会同区内有关部门协调指导对台经贸、金融、文化、学术、体育、科技、卫生等各个领域的交流与合作；参与和指导区内台协会分会、配合市台胞台属联谊会开展各项工作，为在昆台胞台属提供生产经营、工作生活方面的咨询服务；负责区内涉台接待工作，积极联络台湾地区各界人士来昆考察参观，协助开展经贸活动；负责区内台资企业信息统计和分析工作，及时提出工作意见和建议。
社会事业局。负责开发区的社会事务工作。制定社会事业和社区建设发展规划；组织协调教育、民政、物业、司法、信访、综治、卫生健康、军人事务等工作；指导、协调社区服务管理工作，推进社会化服务体系的建立和发展；组织开展社区环境管理工作；组织协调社会公用事业、社会福利事业工作；指导农业产业结构调整、农副产品的开发、新品种推广、农田保护区规划及动态变化管理工作；指导农村经营、农村集体资产管理工作；指导天福地区的规划、建设和管理发展等工作。
安全生产监督管理和环境保护局。1．遵照执行国家和省有关安全生产法律、法规和规章，依法监督所辖区域内工矿商贸企业、危险化学品和烟花爆竹行业安全生产监督管理工作；组织开展工矿商贸企业、危险化学品和烟花爆竹行业应急管理工作；协助、配合上级做好职责范围内生产安全事故的调查处理工作；组织指导工矿商贸企业、危险化学品和烟花爆竹行业安全生产宣传教育和培训工作。2．贯彻执行国家和省有关环境保护法律、法规和规章，在上级生态环境主管部门的指导下，负责全区环境保护行政审批和行政许可的预审工作；参与项目建设前的环境影响评价工作；督促、检查建设项目“三同时”执行情况，做好“三同时”项目跟踪服务管理工作；组织实施各项环保制度和措施，负责环境统计和排污许可证管理工作；监督、检查污染防治状况，对污染治理设施运转状况及达标排放情况做好现场监理；及时上报环境污染事故或隐患，做好环境污染事故和环境纠纷的调查处理工作；负责环保宣传教育工作；协助上级生态环境局做好各种环境监测工作；负责全区污染防治攻坚办公室日常管理工作。
便民服务中心（行政审批局）。负责市政府授权或相关职能部门下放的行政审批、公共服务等事项，牵头组织协调有关部门对相关事项的联审会办；指导社区市民驿站建设工作。牵头“一网通办”及其他“政务服务+互联网”建设。制定行政管理服务制度和考核办法，对进驻窗口及其工作人员进行日常管理和考核。
综合行政执法局。代表开发区管委会统一行使开发区范围内的综合行政执法权力；负责以开发区管委会名义具体实施上级赋予的行政处罚权以及与行政处罚权相关的行政强制措施；负责做好开发区范围内处罚权相关执法监督检查、行政复议及行政诉讼应诉工作；负责行政执法人员业务和法律法规培训工作；负责协调指导、督促检查开发区范围内的爱国卫生工作；负责联系指导环卫所工作。
